Капсульна ендоскопія – це обстеження, яке використовується в оцінці стану тонкого кишечника, а у виняткових випадках – і товстого кишечника. Вона полягає у тому, що хворий ковтає невелику капсулу з камерою і джерелом світла, яка, рухаючись шлунково-кишковим трактом, посилає сигнал на зовнішній реєстратор і, таким чином, записує зображення внутрішньої частини шлунково-кишкового тракту.
У зв'язку зі складною доступністю тонкої кишки під час ендоскопічних дослідженнях (за гастроскопії можна побачити лише дванадцятипалу кишку, колоноскопії – кінцевий відділ тонкої кишки) – це єдине дослідження, що дозволяє побачити тонку кишку «зсередини». Це є особливо корисним у разі, якщо ймовірне захворювання може обмежуватися лише видимими змінами слизової оболонки.