Пацієнта укладають на лівий бік ліжка, і внутрішню частину рота та горла обробляють місцевим анестетиком. У разі внутрішньовенної анестезії (седації) цей крок буде пропущений, натомість – пацієнтові введуть канюлю та дадуть знеболювальні та седативні препарати.
Гастроскоп вводять безпосередньо в глотку, потім його спрямовують у стравохід, який також оглядають, поки гастроскоп не досягне шлунка і, нарешті, початкового відділу тонкої кишки – дванадцятипалої кишки.
Введення гастроскопа у шлунок після місцевої анестезії може викликати у пацієнта дискомфорт та відчуття утрудненого дихання, але ці відчуття можна контролювати, глибоко та спокійно дихаючи через ніс протягом усього дослідження.
Під час огляду через гастроскоп вдувають повітря для кращої візуалізації стінок стравоходу, шлунка та дванадцятипалої кишки, що може викликати дискомфорт, але не викликає болю і не утруднює дихання. Кінець гастроскопа всередині шлунка можна повертати на всі боки, що дозволяє дуже уважно оглянути стінки цього органу.
Якщо виникають якісь підозри у будь-якій досліджуваній частині верхніх відділів шлунково-кишкового тракту, то у такому разі для лабораторного дослідження буде взято мікроскопічний зразок (біопсія) цієї ділянки – це не болісно.
Після закінчення обстеження гастроскоп витягають. Усе обстеження триває протягом 5-10 хвилин і може викликати тимчасовий дискомфорт, але не перешкоджає диханню. Після завершення обстеження може відчуватись здуття живота та відрижка протягом короткого часу.
Якщо було застосовано місцеву анестезію – не можна їсти і пити протягом двох годин, але можна одразу ж поновити повсякденну діяльність.
Опис гастроскопії видається пацієнтові по закінченню обстеження. Якщо ж було зроблено біопсію з метою гістопатологічного дослідження, то на її результати доведеться чекати до 3 тижнів.