Endoskopia kapsułkowa jest badaniem służącym do oceny jelita cienkiego, w wyjątkowych przypadkach również jelita grubego.
Polega ona na połknięciu przez pacjenta małej kapsułki z kamerą i źródłem światła, która przemieszczając się przez przewód pokarmowy wysyła sygnał do zewnętrznego rekordera i w ten sposób rejestruje obraz wnętrza przewodu pokarmowego.
Ze względu na trudną dostępność jelita cienkiego w badaniach endoskopowych (w gastroskopii możliwe jest jedynie obejrzenie dwunastnicy, w kolonoskopii - końcowego odcinka jelita cienkiego), jest to jedyne badanie pozwalające zobaczyć jelito cienkie „od wewnątrz”. Jest to szczególnie przydatne, gdy choroba, którą podejrzewamy u pacjenta może być ograniczona jedynie do zmian widocznych w śluzówce.