USG transrektalne jest podstawowym badaniem proktologicznym, gdy lekarz podejrzewa zmiany w obrębie odbytu i jego okolic, których pełen obraz jest niemożliwy do ocenienia w anoskopii.
Jednym z podstawowych zastosowań ultrasonografii przezodbytniczej jest ustalenie przebiegu przetok okołoodbytniczych czy położenia ropni okołodbytniczych, które mogą się pojawiać m. in u pacjentów z chorobą Crohna.
Pozwala ono także na ustalenie uszkodzeń mięśni zwieraczy odbytu w przypadkach nietrzymania stolca u kobiet po porodach naturalnych, osób starszych i po operacjach okolic odbytu.
Na podstawie obrazu USG przezodbytniczego ustalamy też stopień zaawansowania raka odbytu, planując leczenie operacyjne. Poznanie stopnia zajęcia tkanek przez nowotwór i dobranie odpowiednio oszczędzającej metody chirurgicznej pozwala zaoszczędzić wielu chorym dyskomfortu związanego z koniecznością wytworzeniem przetoki jelitowej (tzw. stomii).