Pacjent z podejrzeniem zakażenia Clostridium difficile nie musi wykonywać badania mikroflory jelitowej przed poddaniem się przeszczepowi. Do potwierdzenie wystąpienia tej bakterii chorobotwórczej w przewodzie pokarmowym wystarczy wykonanie szybkiego testu kasetkowego na obecność w kale produkowanych przez nią toksyn (toksyna A i B) oraz specyficznego dla szczepów Clostridium antygenu GDH. W sytuacji uzyskania niejednoznacznych wyników można wykonać również badanie genetyczne (PCR) na obecność tej bakterii.
By wykryć inne bakterie chorobotwórcze w kale można także wykonać podstawowy posiew kału lub pakiet nazywany "panelem infekcyjnym", w którym bada się próbki na obecność bakterii takich jak m.in Shigella, Salmonella, Capylobacter, Yersinia czy chorobotwórcze szczepy Eshericha coli. Zależnie od badanego szczepu bakterii wykonuje się posiew na dedykowanym podłożu lub badanie genetyczne. Czasem w skład panelu infekcyjnego wchodzą również wirusy takie jak adenowirusy czy rotawirusy. Do wykonania wspomnianych badań wystarczy zwykle jedna próbka kału.
Ze względu na brak wzorca perfekcyjnej flory bakteryjnej jelit, wykonywanie badania mikroflory jelitowej nie jest znaczącym badaniem w praktyce klinicznej. Mikrobiota jelitowa każdego człowieka jest równie unikalna jak odcisk palca, więc określenie czy da się uzyskać trwałą poprawę samopoczucia u osoby zdrowej podając przeszczep flory bakteryjnej czy też specjalnie dobrane probiotyki jest przy obecnym stanie wiedzy trudne.