Leczenie zależy w dużej mierze od stopnia zaawansowania choroby oraz jej lokalizacji.
Pierwszymi lekami z wyboru po rozpoznaniu choroby i w ramach podtrzymania remisji są preparaty mesalazyny w formie granulek o przedłużonym uwalnianiu. Aktualny stan wiedzy wskazuje na to, że stosowanie preparatów mesalazyny i sulfasalazyny w formie tabletek nie jest skuteczną formą leczenia u pacjentów z chorobą Leśniowskiego-Crohna.
Kolejną grupą leków, które są stosowane w leczeniu zaostrzeń choroby są glikokortykosteroidy – ich stosowanie często rozpoczyna się w trakcie pobytu szpitalnego w formie dożylnej, a następnie przyjmuje się je doustnie ze stopniową redukcją dawki. Sterydy nie są lekami z wyboru do podtrzymywania remisji ze względu na mnogość efektów ubocznych, jednak ich krótkie stosowanie w trakcie zaostrzeń nie jest obciążone tak dużym ryzykiem zdrowotnym przy równoczesnej dużej skuteczności. Sterydy nie są jednak doskonałymi lekami – u części pacjentów mogą się one okazać nieskuteczne (mówimy wtedy o sterydooporności), a u części zmniejszanie dawki może powodować nawrót choroby, który ustępuje po przywróceniu wyższej dawki leku (sterydozależność).
Dalszym wariantem leczenia są leki powszechnie stosowane u pacjentów np. po przeszczepach – mowa o lekach immunosupresyjnych (obniżających odpowiedź układu immunologicznego). Zalicza się do nich najczęściej stosowaną u pacjentów azatioprynę oraz, stosowany rzadziej, metotreksat i cyklosporynę. Leki te niestety mogą znacznie obciążać wątrobę, co jest wskazaniem do regularnych kontrolnych badań krwi na początku ich stosowania.
Obecnie najbardziej zaawansowanym sposobem leczenia choroby Leśniowskiego-Crohna są leki biologiczne. Są to z reguły leki podawane w formie kroplówki lub zastrzyku, których zadaniem jest hamowanie odpowiedzi zapalnej organizmu na różnych etapach jej powstawania, tak by organizm zaprzestał uszkadzania własnych komórek w obrębie przewodu pokarmowego. Ze względu na złożoność mechanizmów działania naszego układu immunologicznego i różnorodność cząsteczek biologicznych, które są za to odpowiedzialne, z roku na roku pojawia się zarówno coraz więcej leków biologicznych oficjalnie dopuszczonych do leczenia (obecnie infliksimab, adalimumab, ustekinumab i vedolizumab) jak i leków będących w fazie badań klinicznych. Leki biologiczne są przyszłością leczenia większości chorób zapalnych i autoimmunologicznych ze względu na mniejszą ilość efektów ubocznych połączoną z wysoką skuteczność.
Niestety dotychczas nie znaleziono metody leczenia mogącej w pełni wyleczyć chorobę Leśniowskiego-Crohna. Dysponujemy jedynie lekami, które pozwalają na redukcję objawów choroby i stopniowe wprowadzenie w remisję. Warto podkreślić, że leczenie choroby Leśniowskiego-Croha nie ogranicza się jedynie do okresów zaostrzeń – gdy uda się wyciszyć objawy choroby należy nadal przyjmować leki zalecone przez lekarza gastroenterologa, by nie dopuścić do ponownego rozwinięcia się stanu zapalnego.